Farmaceutski fakultet kao najmlađa organizaciona jedinica Univerziteta u Tuzli egzistira od akademske 2004/05. godine. Na Farmaceutskom fakultetu Univerziteta u Tuzli organizuje se dodiplomski, integrirani I i II ciklus studija, te doktorski studij. U akademskoj 2023/2024. na Farmaceutski fakultet Univerziteta u Tuzli je upisana 20. generacija studenata dodiplomaca, te četvrta generacija studenata doktoranata. Do sada je na Farmaceutskom fakultetu u Tuzli diplomiralo oko 1200 studenata. Farmaceutski fakultet Univerziteta u Tuzli je punopravni član Evropske asocijacije farmaceutskih fakulteta (EAFP) od 2015. godine.
Prvobitno, Nastavni plan i program dodiplomskog studija bio je koncipiran u trajanju od osam semestara, odnosno kao četvorogodišnji studij koji je ekvivalentan 240 ECTS. Međutim, u cilju harmonizacije kurikuluma i unapređenja saradnje između farmaceutskih fakulteta u Evropi, u maju 2005. godine potpisana je „Malteška deklaracija“ koja definira programe farmaceutske edukacije. Kao specifikum Bolonjske deklaracije, Malteška deklaracija preporučuje koncept integralnog studija u trajanju od deset semestara, odnosno petogodišnji studij, koji je ekvivalentan najmanje 300 ECTS. Diplome i titule u farmaciji, navedene u Direktivama 85/433/EEC, 85/584/EEC i 90/658/EEC, zasnovane su na multidisciplinarnoj integraciji bazičnih, prirodnih i zdravstvenih nauka i tehnologija, „sa posebnim fokusom na predmete vezane za medicinu i medicinska sredstva u svim domenama njihove primjene”.
Rukovodeći se ovim činjenicama, Nastavno-naučno vijeće Farmaceutskog fakulteta početkom 2007. godine pokrenulo je inicijativu o organizovanju petogodišnjeg studija sa namjerom da novi (petogodišnji) Nastavni program započne u akademskoj 2007/08 godini. Studenti Farmaceutskog fakulteta, upisani u 2004/05, 2005/06 i 2006/07. godini u prvu godinu studija, a koji su studirali po četverogodišnjem nastavnom planu i programu, kroz sprovedenu anketu, iskazali su svoju izričitu želju za prelazak sa četverogodišnjeg na petogodišnji studij farmacije (od 330 anketiranih studenata njih 322 ili 97,6% je izrazilo želju za prelazak na petogodišnji studij).
Nastavno-naučno vijeće Farmaceutskog fakulteta u Tuzli podržalo je inicijativu studenata i preporučilo izmjene i prevođenje četverogodišnjeg na petogodišnji studij farmacije. S tim u vezi, imenovana je Komisija od strane Senata Univerziteta koja je sačinila Prijedlog izmjena postojećeg nastavnog plana i programa u cilju organiziranja petogodišnjeg studija. Predložen je i aneks na aktuelni četverogodišnji studij koji predstavlja razliku u planu i programu između postojećeg četverogodišnjeg i novog petogodišnjeg studija farmacije. Na taj način uspostavlja se potrebna ekvivalencija između transformiranog četverogodišnjeg i novog petogodišnjeg studija. Skupština Tuzlanskog kantona je na svojoj sjednici održanoj 05.11.2007. godine donijela odluku o usvajanju Elaborata o društveno-ekonomskoj opravdanosti promjene dužine trajanja studija na Farmaceutskom fakultetu Univerziteta u Tuzli. Sastavni dio pomenutog Elaborata je i izmijenjeni Nastavni plan i program Farmaceutskog fakulteta Univerziteta u Tuzli. Prihvaćene izmjene su ugrađene i u Zakon o izmjenama i dopunama Zakona o visokom obrazovanju.
Završetkom integrisanog I i II ciklusa studija “Farmacija (integrisani I i II ciklus)” na Farmaceutskom fakultetu student stiče akademsko, odnosno stručno zvanje Magistar farmacije (mr.ph.), što je u skladu sa Pravilnikom o korištenju akademskih titula i sticanju naučnih i stručnih zvanja na visokoškolskim ustanovama u Tuzlanskom kantonu (“Službene novine TK”, broj: 14/17 i 11/18) i načinu njihovog korištenja koji donosi Ministarstvo obrazovanja TK. Dužina trajanja studija i stručno zvanje koje student stiče na Farmaceutskom fakultetu Univerziteta u Tuzli je u skladu sa Malteškom deklaracijom koja se temelji na Direktivama EU 2005/36/EC i 2013/55/EU, a koja precizira dužinu trajanja studija i obavezne prakse kao neophodne uslove za priznavanje profesionalnih kvalifikacija. Prema Direktivama EU 2005/36/EC i 2013/55/EU stručno zvanje koje se stiče na Farmaceutskom fakultetu Univerziteta u Tuzli korespondira sa zvanjem Master of Pharmacy, odnosno Master farmacije.